羊肚菌在3~5℃的冷庫中能保鮮15至20天左右，但如果放入-18℃的環境下，至少可以保存10-12個月。為了控制羊肚菌的生理、生化等因素的變化，能使羊肚菌生命活動處于食用安全休眠狀態，冷庫的相對濕度須控制在85%至90%。

在儲存羊肚菌過程中，一定要保證庫內溫度、濕度穩定，這是因為溫度、濕度波動大會導致出現羊肚菌細胞膜破壞、口感變差、營養成分下降等問題。如果庫內濕度不足時，可用普通空氣加濕器或微波空氣加濕器進行加濕，以保持庫內濕度穩定。

想要冷庫達到預期內的保鮮效果，羊肚菌在冷庫儲存期間的管理也十分重要。羊肚菌冷庫須每隔1周要檢查一次，此外要定期進行通風換氣，防止庫內空氣污濁，保持冷庫空氣清新潔凈。此外，羊肚菌不得與有毒，有害，有異味和易于傳播霉菌，害蟲的物品混合存放，貨物與地面之間，必須放置冷庫專用墊板。